Với tư cách Ủy viên Trung ương Đảng giữ chức Trưởng Ban Liên lạc Nông dân toàn quốc, Thứ trưởng Bộ Nông lâm, từ tháng 7 năm 1954, ông Hồ Viết Thắng được giao trách nhiệm là Phó ban, trực tiếp phụ trách cơ quan Ủy ban Cải cách ruộng đất Trung ương điều hành chiến dịch.

Ủy ban Cải cách ruộng đất Trung ương do Thủ tướng Phạm Văn Đồng làm Trưởng Ban. Tổng Bí thư Trường Chinh là Phó Ban,nhưng phụ trách Đảng tổ Cải cách ruộng đất, là người cao nhất về Đảng lãnh đạo công cuộc Cải cách ruộng đất. Hai Ủy viên Bộ Chính trị là Hoàng Quốc Việt và Lê Văn Lương trực tiếp chỉ đạo.

Từ đợt 2, Hồ Viết Thắng được giao nhiệm vụ là Ủy viên thường trực điều hành công việc hàng ngày. Thành viên Uỷ ban Cải cách ruộng đất Trung ương có một số Ủy viên Bộ Chính trị, người đứng đầu các Ban ngành, đoàn thể, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.

Cải cách ruộng đất đem lại những kết quả mang tính chiến lược song Cải cách ruộng đất cũng phạm phải những sai lầm nghiêm trọng.Để lấy lại lòng tin của nhân dân, Đảng Lao động Việt Nam triển khai ngay hai việc: Một là thi hành kỷ luật những người trực tiếp chỉ đạo và điều hành công cuộc Cải cách ruộng đất.Hai là tiến hành sửa sai.

Ngày 18-8-1956, Chủ tịch Hồ Chí Minh gửi thư cho đồng bào và cán bộ nhìn nhận sai lầm Cải cách ruộng đất và cho biết Trung ương đảng và chính phủ đã nghiêm khắc kiểm điểm các sai lầm. Tại Hội nghị Trung ương 10 (1956) đã thông qua quyết định thi hành kỷ luật những người trực tiếp chỉ đạo công cuộc Cải cách ruộng đất. Hồ Viết Thắng ra khỏi Ban Chấp hành Trung ương Đảng.

Trong hội nghị lần thứ 10 của Ban chấp hành Trung ương Đảng (họp từ ngày 25/8/56 đến 24/9/56) tiến hành sửa sai cải cách ruộng đất, Hồ Viết Thắng bị kỷ luật, bị loại ra khỏi Ban Chấp hành Trung ương Đảng.[6][7]

Sau khi nhận kỷ luật, ông Hồ Viết Thắng trở thành chuyên viên Văn phòng Trung ương Đảng. Năm 1958, ông được phân công về phụ trách trường Hợp tác xã nông nghiệp Trung ương thuộc Ban Công tác nông thôn Trung ương.Gia đình ông Hồ Viết Thắng tất cả chín nhân khẩu và gia đình ông Hoàng Du, nguyên là Chánh Văn phòng Ủy ban Cải cách ruộng đất Trung ương, dọn ra ở xóm lao động bãi Nghĩa Dũng, ngoài đê sông Hồng.